Het zesde seizoen speelt zich twintig maanden na seizoen vijf af. De afgelopen elf weken vóór Dag 6 zijn de Verenigde Staten van kust tot kust het doelwit geweest van een reeks zelfmoordaanslagen. Een man genaamd Abu Fayed stemt ermee in om de VS de locatie te geven van Hamri Al-Assad, het vermeende terroristische brein achter deze aanslagen, in ruil voor voormalig CTU-agent Jack Bauer met wie hij een persoonlijke wrok koestert.
