Het vierde seizoen speelt zich 18 maanden na seizoen drie af. Jack werkt nu voor minister van Defensie James Heller nadat hij door CTU is ontslagen vanwege zijn heroïneverslaving. Als de dag begint, raakt hij verwikkeld in een uitgebreid terroristisch complot waarbij James Heller en zijn dochter Audrey Raines betrokken zijn.
