Het tweede seizoen speelt zich 18 maanden na seizoen één af. Het hoofdverhaal van het seizoen volgt het werk van de nu Amerikaanse premier. President David Palmer en agent Jack Bauer gaan terroristen ervan weerhouden een atoombom in Los Angeles tot ontploffing te brengen. Kate Warner wordt in de situatie geïntroduceerd, een vrouw die uiteindelijk essentiële informatie krijgt over de missie van CTU.
