Suite aux attentats du 11 septembre, le gouvernement des Etats-Unis, déterminé à traquer les responsables, a mis en place des cellules spéciales. Apparemment, l'une d'elles, particulièrement protégée et secrète, prend le relais lorsque les moyens d'investigation rationnels ne donnent pas de résultats. Johnny est appelé à collaborer avec les dirigeants de cette unité qui travaille à démanteler un réseau terroriste en Afghanistan dont le cerveau est désigné comme étant la "cible"...