더 이상 이곳에 있을 필요가 없다는 말을 하며 자살한 요모타 치사. 중학생 2학년 이와쿠라 레인은 얼마 전 자살한 치사로부터 한 메일을 받게 된다. 자신의 육체는 죽었지만 정신은 와이어드(가상세계)에서 살아있다는 내용이었다. 레인은 이를 계기로 와이어드라는 가상 세계에 흥미를 갖게 되고 아버지가 사준 최신 컴퓨터 ‘나비’를 통해 와이어드에 접속한다. 그러나 와이어드 안에 있는 사이버리아 클럽에 또 다른 자신이 출몰한다는 소식을 듣게 된다. 레인을 주변으로 알 수 없는 일들이 끊임없이 일어나고 레인이 또 다른 레인을 추적하는 과정에서 정체불명의 조직에게 잡히고 만다. 그 조직은 비밀 결사단 ‘나이츠’였다. 레인 앞에 자신을 와이어드의 신이라 부르는 존재가 다가오는데…….
