L'Angelo Ramiel inizia a trivellare il suolo di Neo Tokyo-3 nel tentativo di penetrarne gli strati protettivi ed arrivare al Geofront, la cavitá sotterranea che fa da quartier generale alla Nerv. Per superare il campo protettivo dell'invasore viene allora ideata da Misato una strategia chiamata "Operazione Yashima", in cui l'Unità 01 dovrà cercare di colpire il nemico utilizzando un prototipo avanzato di fucile a positroni appena messo a punto dall'esercito, mentre l'Unità 00 lo schermerà da eventuali contrattacchi di Ramiel. Per far funzionare l'arma è necessaria l'intera produzione elettrica del Giappone, ma anche così Shinji manca il bersaglio al primo colpo e, in attesa di ricaricare, Rei, a bordo dell'Eva, gli si para davanti per proteggerlo dal raggio scagliato dal nemico. Il secondo colpo riesce a centrare Ramiel e ad annientarlo definitivamente.
