Il Progetto per il Perfezionamento dell'Uomo continua il suo svolgimento, mentre l'umanità cerca di completare la sua esistenza. Shinji, sempre alle prese con la sua analisi interiore, vede un mondo felice in cui i suoi genitori vivono con lui, in cui egli non è un pilota di Evangelion e le sue uniche preoccupazioni sono legate alla scuola e ai suoi amici. In questo modo si rende conto che la sua esistenza non è fissa, distruggendo il guscio protettivo che si era formato attorno. A questo punto in quello che sembra essere un teatro, gli si fanno incontro i genitori, gli amici e i conoscenti che lo applaudono per essere finalmente riuscito a capire il senso della sua vita ed egli, a turno, li ringrazia tutti.
