Il ritrovamento dei resti del marine Daniel Cryer, effettuato da un peschereccio al largo della costa della Tanzania dà il via ad un'indagine dalla quale emerge che il marine aveva disertato per diventare un avventuriero e che aveva fatto parte di una squadra che il Mossad aveva mandato a scovare il terrorista Saleem Ulman. La posizione dei resti di Cryer e il fatto che la sua morte sia stata causata da colpi di arma da fuoco rendono palesemente falsa la storia raccontata da Ziva David, la quale aveva affermato che la Damocle, la nave sulla quale si era imbarcata con la sua squadra per raggiungere l'Africa, fosse affondata a causa di una tempesta. Usando le coordinate geografiche dei resti di Cryer come guida, l'agenzia riesce a ritrovare la nave e scopre che l'intero equipaggio è stato sterminato a colpi di arma da fuoco. Mentre Vance interroga Ziva per ottenere maggiori informazioni, si presenta alla sede dell'NCIS il capo squadra di Ziva, Malachi Ben-Gidon, per chiedere che Ziva torni sotto il controllo del Mossad. Il direttore Vance acconsente a condizione che Malachi dia loro informazioni su cosa è successo sulla Damocle. Malachi dice che la loro copertura era saltata e quindi erano stati costretti ad eliminare tutti i marinai; afferma inoltre che Ziva ha eliminato Cryer perché era lui che aveva fatto saltare la copertura. Sapute le parole del suo capo squadra, Ziva ribatte che l'assassino di Cryer è Malachi, che ha ucciso il marine senza dargli possibilità di spiegare nulla. A sostegno di ciò c'è il proiettile di Ben-Gidon che ha ucciso Cryer, anche se in realtà si tratta di un proiettile sparato da Abby in laboratorio grazie ad un'idea di Tony per forzare l'agente del Mossad a confessare. Vance rispedisce Malachi in Israele e accetta la domanda di assunzione che Ziva aveva presentato prima che si aprisse il caso Cryer e, come prima cosa, Tony e McGee le rifilano tutto il lavoro di una settimana di Tony, perché nessuno dei due vuole pagare la scommessa che avevano entrambi fatto sull'eliminazione di un virus.
