Il direttore Shepard scopre che la vittima designata di una missione segreta a Parigi, compiuta in passato da lei stessa insieme a Gibbs e un terzo agente speciale (già rinvenuto morto), sta cercando di uccidere i 3 componenti di quella missione. Ma non informa Gibbs e decide di risolvere la questione con l'aiuto dell'ex caposquadra di Gibbs, Mike Franks. Ma entrambi sono vittima di un agguato in cui proprio il direttore Shepard rimarrà uccisa. Proprio in quel giorno il direttore era sotto scorta di Tony e Ziva che però lei aveva congedati per "risolvere la questione" da sola, tenendoli all'oscuro.
