Il team scopre l'esistenza di un gruppo terroristico detto "I Chiamati" che recluta giovani bambini per trasformarli in armi e in futuri terroristi. Durante le indagini per individuare Sadiq Samar, un importante reclutatore dell'organizzazione, Gibbs, DiNozzo e Bishop si imbattono in una giovane recluta, un bambino che si chiama Luke Harris. Gibbs cerca di far collaborare il bambino che dopo iniziali dubbi decide di fidarsi dell'agente. Nel frattempo "I Chiamati" uccidono entrambi i genitori adottivi di Harris in quanto lo reputano un traditore. Il bambino rimane sconvolto dalla visione dei suoi genitori uccisi. Intanto McGee e Dorneget volano in Egitto per indagare sul gruppo terroristico. Mentre Tim interroga uno dei leader del gruppo, Rousseau, Dorneget viene coinvolto in un attentato de "I Chiamati" dove viene ferito a morte. Dopo la morte di Ned il team scopre che i terroristi sono pronti ad attaccare le città più importanti del mondo con delle mine modificate. Al termine dell'episodio si scopre che la madre di Ned, Joanna Teague, è un'agente della CIA e chiede a Gibbs di poter collaborare con lui per vendicare la morte del figlio.
