All'indomani dell'arresto di Gibbs il Dipartimento della Difesa allarga la sua indagine nell'NCIS, mettendo in pericolo il futuro dell'intera agenzia, durante queste indagini viene trovata la testa di un marine che, durante l'autopsia, si rileva molto attiva dal punto di vista radioattivo. Per difendere Gibbs il Direttore Vance assolda l'ex Ammiraglio Abelardo (Albert) Jethro "A. J." Chegwidden e poi, visto che Parsons l'agente che conduce le indagini, continua la sua caccia alle streghe, l'intera squadra da le dimissioni. A quel punto le indagini vengono bloccate .
