Dopo la morte di Eli David direttore del Mossad, la figlia Ziva chiede a Gibbs l'autorizzazione ad andare in Europa dove si trova Bodnar, ritenuto l'assassino di Eli David. Nel frattempo viene ucciso un agente del Mossad ed il nuovo direttore (una donna che poi Ziva dirà che ha avuto una lunga relazione con suo padre Eli David da giovani) si trova negli Stati Uniti per collaborare alla ricerca di Ilan Bodnar. Ziva e Tony partono per l'Europa, ma non per Roma dove tutti credono che Bodnar sia, bensì per Berlino dove Ziva pensa che Bodnar in realtà si trovi, perché è lì che può cambiare i suoi soldi in diamanti per poi sparire. Le indagini condotte in parallelo dal Mossad, dalla CIA, dall'FBI e dal NCIS, sembrano brancolare nel buio. A Berlino Ziva e Tony invece di trovare Bodnar trovano il fratello di questo che lo aiuta. Nel frattempo si scopre che Ilan Bodnar non è mai partito dagli Stati Uniti dopo l'omicidio di Eli David, come peraltro il Mossad già sapeva non avendolo però rivelato al NCIS. Tony e Ziva tornano allora negli Stati Uniti con il fratello di Bodnar ed appena giunti subiscono una grave collisione (volontaria ?) da un SUV, con conseguenze che si scopriranno solo nella puntata successiva.
