La squadra cattura un hacker professionista, secondo della lista dei cyberterroristi più ricercati d'America e responsabile di un attacco informatico al MTAC, provocando la morte di un agente sotto copertura. La squadra è interessata ad interrogarlo per il collegamento con un altro hacker che è identificato solo come " MC ". Analizzando il computer dell'hacker, Ziva e Di Nozzo esplorano un magazzino e trovano le prove di una bomba contenente il virus ebola. Per far parlare l'hacker, Ziva e Di Nozzo lo trasferiscono a Guantanamo Bay, nel tentativo di intimidirlo, minacciando di metterlo con i terroristi che in precedenza aveva tradito. Tuttavia, una volta arrivati, la sicurezza del carcere viene compromessa da un attacco informatico. I prigionieri liberi chiedono a Ziva e Di Nozzo, rifugiatisi in cella insieme all'hacker, di consegnarlo in cambio per la loro vita. Pur di salvare se stesso, l'hacker rivela come possono trovare MC. Si scopre così che l'intero breakout era solo uno stratagemma: essi in realtà non avevano mai lasciato la base dell'NCIS. Nel frattempo, Gibbs e McGee riescono a rintracciare la bomba ad ebola e disinnescarla in sicurezza.
