Questo episodio è la seconda parte del backdoor pilot di NCIS - Unità anticrimine. Il processo contro il capitano Rabb ha inizio, e questi viene difeso dal tenente Faith Coleman. Nonostante la comparsa di una nuova prova, quando viene trovato in riva al fiume il cappello di Rabb, Gibbs è sempre meno convinto che questi sia colpevole, e lo ammette anche durante il processo. Le analisi di laboratorio rivelano che il cappello era una falsa prova di depistaggio; la squadra scopre che Rabb era innocente ed era stato il comandante Theodore Lindsey, per motivi passionali, a uccidere la Singer cercando poi di incastrare Rabb. Risolto il caso, Gibbs si reca a bordo della Chattanooga per interrogare Bin Atwad. Invitandolo a pranzo e parlando di questioni apparentemente banali, Gibbs riesce a carpire alcune informazioni sui suoi ultimi movimenti in Francia, che permettono di individuare la cellula terroristica. La squadra di Gibbs si reca in incognito nei pressi della nave usata dai terroristi come base, individuando il terrorista ricercato Hussan Mohammed. Una esitazione di Blackadder mette in allarme i terroristi e dà il via ad uno scontro a fuoco, nel quale gli attentatori vengono uccisi dagli agenti dell'NCIS.
