Le tensioni continuano a crescere tra gli Stati Uniti e il Pakistan dopo che Amanda piazza prove che il Pakistan ha assunto Nikita per uccidere il Presidente. Birkhoff è costretto dagli eventi a rivelare la sua vera identità, nascosta da anni, e scopriamo che si tratta di Lionel Peller, figlio creduto morto di un funzionario dell'NSA il quale, funzionario, ora è stato rapito da Amanda e sostituito con un sosia. Nikita e gli altri decidono così di tendere una trappola ad Amanda: grazie alle conoscenze di Birkhoff su suo padre, attireranno il sosia in un tranello e cercheranno di usarlo per scoprire dove si nasconde la loro avversaria. Nel frattempo, la CIA cattura Alex e le fa alcune domande circa il suo coinvolgimento con Nikita.
