In chiesa Don Matteo trova una parrocchiana di nome Elisa che prega in preda alla disperazione in seguito ad un nuovo atto di violenza subito dal marito, allora Don Matteo cerca di confortarla, ma arriva il marito che con forza porta la moglie via. La sera tardi, sotto la pioggia, arriva in canonica la stessa Elisa che in lacrime confessa al prete di aver lasciato il marito. Allora Don Matteo le propone di stabilirsi di stabilirsi da Suor Maria, ma Elisa vuole rimanere con lui. Intanto a Spoleto arriva Assuntina, che confessa al padre di aver abbandonato l'università, facendo arrabbiare parecchio il padre. Cecchini da quel momento in poi tratta duramente la figlia facendole pagare i pasti e aiutandola a trovare lavoro presso un bar dove dovrà lavorare sodo, dicendo che la figlia deve assumersi le proprie responsabilità. I carabinieri arrestano dapprima Elisa, anche se poi si accorgono che l'ora del decesso corrisponde al momento in cui si trovava in canonica, poi su Sergio Manni, un idraulico, che rivendica l'appartenenza di un quadro in mano alla vittima, essendo essa un antiquario. A Spoleto arriva anche Daniele e Lia gli confessa di essere incinta di lui e così Daniele ha intenzione di andarsene. Uscita dal carcere, Elisa insiste nel voler restare in canonica con Don Matteo e lo bacia, ma nel frattempo arriva il capitano che li vede. Una lettera anonima dove si dice che Don Matteo ed Elisa abbiano una relazione complica la situazione tanto che Tommasi è costretto ad interrogarli, ma nonostante ciò le cose scritte sulla lettera risultano delle falsità. Assuntina è stufa, e dice al padre di non essere come Patrizia e quindi come i genitori volevano che fosse, e il padre comprendendola decide di accettare le sue scelte. L'omicidio, infine, si scoprirà che è stato proprio ad opera di Elisa che in seguito alla solita lite sfociata con le botte, ha pugnalato il marito e alzando la temperatura della casa per ritardare l'ora del decesso, si è creata un alibi grazie proprio a Don Matteo, al quale rivelerà di aver intenzione di ricominciare una nuova vita con lui, ecco il motivo che ha spinto la donna a mandare quella lettera anonima al capitano. Don Matteo si occupa anche di Sabrina che lavorerà come ragioniera nel campo volo di Tomàs, il quale stressato dalle continue oppressioni dell’usuraio, si mostra scorbutico nei confronti di Sabrina, la quale però capisce i guai finanziari del giovane. Assuntina, nel frattempo, riesce a trovare lavoro presso la Tim come tecnico di rete. A fine puntata Daniele accetta di restare con Lia e il bambino e con un bacio ritornano insieme.
