In chiesa i bambini giocano con Don Matteo, ma ad un certo punto una bambina di nome Francesca si sente male ed arrivano i soccorsi. Subito la madre accusa due egiziani Samuel e Kayla Negash di aver contagiato la figlia con l'ebola. All'ospedale i due fanno le analisi del sangue, ma Samuel viene aggredito e partono le indagini, che vedono subito sospettata la madre di Francesca, ossessionata dalle malattie in seguito alla morte del marito. Nel frattempo Tommasi non vuole parlare con Lia, e il maresciallo Cecchini dopo aver origliato e capito male una telefonata tra Giulio e Lia capisce che Tommasi ha messo incinta la maestra Marisa. Allora il maresciallo fa di tutto per risolvere la faccenda facendo incontrare l'assessore Zazzi col capitano ma capito il disguido, Lia confessa allo zio di essere incinta di Daniele, e Cecchini sviene. Nel frattempo Don Matteo e i carabinieri scoprono che Samuel è stato ferito dalla cognata che pur di restare con l'adorata nipote, avendo il cognato intenzione di ripartire per l'Egitto dopo gli episodi razzisti sempre più frequenti in paese, avrebbe fatto di tutto. Presa dalla disperazione tenta addirittura di suicidarsi con la sua pistola ma le amorevoli parole di Don Matteo la salvano. A fine puntata Tommasi e Lia parlano e il capitano decide di lasciare Lia, lasciandola nello sconforto. Don Matteo a fine puntata, riesce ad ottenere attraverso il consenso del giudice un lavoro per Sabrina, che lavorerà nel capannone degli aerei con Tomàs.
