Ken Rothman, un ex-flic dont Jamie Avery a obtenu le renvoi pour violences, parvient à s'introduire dans le QG de la police et à en prendre le contrôle avec l'aide d'un commando. Retenant une partie du staff en otage, il formule son exigence : être réintégré dans la police ! John Doe, qui a réussi à s'échapper, rampe dans les conduits d'aération. Bientôt, il découvre avec effroi que Rothman et ses sbires possèdent des échantillons du virus de la variole...
