Ariel, l'ancien maître de Niko, lui demande de l'aide. À Xanadu, où Niko a été recueilli en tant qu'orphelin, le "Megamind" est devenu complètement incontrôlable. Lorsque Niko et Ariel arrivent, le "Megamind" leur fait croire à une autre réalité. Ils doivent sortir au plus vite de ce labyrinthe pour arrêter le super-cerveau.