La quatrième Grande Guerre Ninja est terminée. Mais depuis ce jour, Sasuke continue son voyage solitaire, avec pour objectif d'expier ses péchés. Pendant ce temps-là, au Village de Konoha, il y a un nombre croissant de ninjas portés disparus. Alors que Kakashi, désormais Hokage, et les autres discutent de ces incidents, le village est attaqué par un mystérieux groupe de ninjas.
