Sarah, désormais en possession de l'Intersect, part sur les traces de Chuck, kidnappé par Nicholas Quinn. Direction : le Japon ! Morgan, lui, est resté à Burbank pour y passer des tests. Son expérience avec l'Intersect a failli lui coûter la vie et a eu pour conséquences la perte de certains souvenirs. Ellie fait donc des recherches pour éviter à Sarah de subir la même mésaventure...
