Jaden, Chazz, Bastion, Zane, Alexis, Banner et Crowler sont tous convoqués dans les bureaux du chancelier Sheppard. La chancelière leur explique trois cartes puissantes légendaires, les "Bêtes sacrées", qui ont été scellées sous Duel Academy. Il dit qu'un groupe pervers appelé les Seven Shadow Riders envisage de les desceller et d'utiliser leur pouvoir. Il donne à chacun l'une des sept "clés spirituelles", qui ont le pouvoir de déverrouiller le sceau, et leur dit de les protéger des cavaliers de l'ombre, car les clés n'ont de pouvoir que lorsqu'elles sont gagnées de leurs gardiens en duel. Nightshroud, le premier cavalier de l'ombre, ne tarde pas à comparaître et à défier Jaden en duel pour sa clé spirituelle en échange de la vie de Syrus et de Chumley. De plus, si Jaden perd, son âme sera scellée dans une carte.
