Quatre étudiants en transfert et le professeur Thelonius Viper arrivent à la Duel Academy. Jaden se lie d'amitié avec un nouvel étudiant qui peut également voir les esprits duel. Puis, lorsque les nouveaux étudiants sont révélés, l'un d'entre eux, Jesse Anderson, est porté disparu. Ensuite, le nouvel ami de Jaden se présente en dernier, affirmant qu'il s'est perdu sur le chemin de la cérémonie et révèle qu'il est Jesse, en possession d'un rare jeu de "Crystal Beasts". Le professeur Viper associe Jaden et Jesse dans un match d’exposition.
