Knuckles vient prêter main-forte à Sonic dans son combat contre le Dr Robotnik, mais son but est de rassembler les fragments de l'Émeraude Mère, pas de libérer Amy. Robotnik oblige Gamma à affronter Sonic, mais Amy s'interpose. Tails embarque Amy pendant que Sonic se charge de Robotnik. Affrontant le Chaos 4, et en difficulté, Knuckles vient aider Sonic dans son combat.
