Shikamaru se ha convertido en la mano derecha del sexto Hokage y realiza todo tipo de labores administrativas que su cargo implica, entre ellas, les preocupan los sucesos que ocurren el país del silencio, sobre los que Sai les ha informado haciendo especial referencia a las acciones de una persona llamada Gengo, quien no solamente puede transformar ese país sino también la realidad de los ninjas y del mundo entero, situación que afectaría directamente a la unión ninja. Por tal razón y con el objetivo de evitar que el problema se haga más grande al involucrar a la unión, Shikamaru solicita se le asignen a los dos mejores ANBU de la aldea y así dirigir una operación encubierta en ese país; así, este grupo además está conformado por Soku, cuyo nombre real es Hinoko, una kunoichi de 14 años con grandes habilidades, reclutada inmediatamente al graduarse de la academia su especialidad consiste en disparar hilos de chakra los que pueden revitalizar o aniquilar; su otro integrante es Ro, quien puede manipular la percepción que los demás tienen del chakra, lo que resulta bastante útil para infiltrarse. Antes de dar inicio a la misión, Shikamaru visita las tumbas de su padre y de Asuma, ahí se encuentra con Kurenai y Mirai. Al día siguiente, previo a salir de la aldea se encuentra con Naruto, instándole a trabajar para convertirse en el próximo Hokage, pues no solo basta con que sepan que es el héroe de la guerra sino que los aldeanos deben tener en mente la suerte que tienen de poder contar con él.
