Después de la caída de sus subordinados, Yamamoto decide aparecer para luchar contra Aizen; creando llamaradas por todo el alrededor la lucha comienza, pero es interferida por Wonderweiss con su resurrección Extinguir, la habilidad de este es sellar a Ryujin Jakka. Ya sin defensa Yamamoto demuestra su gran fuerza física pudiendo soportar los múltiples ataques del Arrancar; el Capitán-Comandante decide acabarlo con Sokotsu. Pero Aizen le hace recordar para que fue creado Wonderweiss, Yamamoto se da cuenta que las llamaradas de Ryujin Jakka podrían destruir Karakura, inmolándose con su cuerpo no hace que la explosión se produzca. Aizen ve a Genryusai ya derrotado, pero este usa un Kido lastimándolo. Ante esto Ichigo aprovecha para lanzarse de nuevo al ataque.
