Sydney Bristow es una chica aparentemente normal, que compagina sus estudios universitarios con un trabajo a tiempo parcial en Credit Dauphine, un banco que absorbe tiempo del que su prometido y amigos desean. Sin embargo, dista mucho de ser una mujer del montón, ya que su trabajo es una tapadera de su verdadera vida: Sydney es una agente del SD-6, una rama secreta de la CIA. Huérfana de madre y con un padre al que apenas ve, su vida está punto de cambiar ya que pronto se irá a vivir con Danny, su prometido. Con el firme propósito de sincerarse con su prometido toma todas las precauciones para revelarle la verdad: que trabaja para el gobierno. Pero toda precaución es poca y al regreso de una misión en Taiwán, Sydney encuentra a Danny muerto, asesinado por sus propios compañeros del SD-6, cuando estos descubren que Danny conoce la pertenencia de Sydney a la agencia. Confusa y dolida, Sydney irrumpe en las instalaciones del SD-6 donde se enfrenta con su jefe, Arvin Sloane, y tras pasar unas pruebas para determinar su lealtad, Sydney obtiene un permiso de un mes y desaparece. Pero Sloane se impacienta y después de tres meses da un ultimátum a Sydney a través de Dixon, su compañero: o vuelve al trabajo o tendrá que lidiar con las consecuencias. Para su propia sorpresa, en su ayuda acude su padre, Jack Bristow, el cual le confiesa que también es agente del SD-6 (y no un vendedor de piezas de aviones, como le había dicho). Junto a esa revelación otra sale a la luz: el SD-6 no es parte de la CIA sino que es una organización secreta que lucha por sus propios intereses. Sydney lleva siete trabajando para el enemigo contra el que creía estar luchando. Y ahora ese enemigo no parará hasta que la encuentre y la ejecute. Y lo que es peor, su padre es uno de los fundadores de la Alianza de los Doce, que controlan, entre otras cosas, el SD-6. Sydney hace acopio de fuerzas para plantearse su situación una posible salida a esta carrera donde no tiene aliados, solo enemigos por lo que decide finalizar la misión en Taiwán que dejó sin acabar meses atrás, ¿El objetivo? Ganarse de nuevo la confianza de su jefe y compañeros, los cuales no saben para quien están trabajando. No sin muchas dificultades, Sydney lo consigue. Tras verificar que tiene de nuevo un lugar en el SD-6 y que cuenta con el beneplácito de su superior, se encamina hacia el edificio central de la CIA, donde confiesa que es una agente del SD-6 y se pone en manos del servicio de inteligencia. Ellos tienen un plan mejor: Sydney trabajará para la CIA como agente doble en el SD-6, donde seguirá realizando las misiones con normalidad, pero informando pormenorizadamente a sus nuevos jefes. Sydney acepta con un solo fin: destruir a la organización y al hombre que ha roto en mil pedazos su vida, Arvin Sloane. Pero Sydney se encuentra con otra sorpresa: su padre también es un agente doble de la CIA y, aunque no puede perdonarle, deberá aprender a confiar en él para cumplir sus misiones.
