Eine Frau namens Paulette Chambers wendet sich hilfesuchend an John. Sie berichtet ihm von den Machenschaften eines verrückten Wissenschaftlers namens Moretti, der Experimente an den Gehirnen von im Koma liegenden Menschen durchführt. John kann mit Paulettes Hilfe ein verlassenes Gebäude aufspüren, das Moretti als Labor für seine menschenverachtenden Versuche diente. Moretti ist zwar nicht aufzufinden – aber die Komapatienten liegen immer noch in dem Labor. Doch bevor John Doe sich um die Menschen kümmern kann, schaltet sich ein Computerhacker in den Fall ein und droht damit, das Elektrizitäts- und Wassersystem zu manipulieren und damit ganze Stadtteile von Seattle lahmzulegen. John gelingt es jedoch, den Hacker aufzuspüren, der sich als ein Gegner von Moretti und dessen Experimenten entpuppt. Gemeinsam wollen sie dem Wissenschaftler das Handwerk legen, doch als sie das Labor erneut aufsuchen, sind die Komapatienten verschwunden …
