Der ehemalige Polizeibeamte Ken Rothman, der unehrenhaft aus dem Dienst entlassen wirden war, dringt unter Anwendung von Waffengewalt in das Polizeipräsidium von Seattle ein und nimmt zusammen mit einem Komplizen verschiedene Beamte als Geiseln. John Doe gelingt im letzten Moment die Flucht. Er hat jedoch noch erfahren, dass Rothman über einen Vorrat von hochgefährlichen Pockenviren verfügt und damit droht, die Viren freizusetzen. Damit droht den Menschen von Seattle eine furchtbare Pockenwelle, die Tausende von Menschenleben fordern könnte. John versucht alles, um Rothman zu stoppen …
