Nach den letzten Ereignissen brodelt es überall auf der Welt und es häufen sich Demonstrationen gegen die Bildungsstadt. Touma und Index ihrerseits versuchen wieder ein normales Leben zu führen. Was bei Touma bedeutet, sich in der Schule Ärger einzuhandeln und bei Index, den ganzen Tag mit ihrem Kätzchen Sphinx und futtern zu verbringen. Doch Touma wird bald schon von der Vergangenheit eingeholt.