Den tredje sæson af "Das Boot" følger skæbnen for et uerfarent ubådsbesætning, der bliver sendt på en farlig mission og befinder sig i en besat Royal Navy-kommandørs syn. Under ledelse af Robert Ehrenberg (Franz Dinda) dannes stærke personlige alliancer inden for besætningen. Ehrenberg finder selv familiebånd, som han troede var tabt for altid. I mellemtiden, i det neutrale Lissabon, hvor eksil, spioner og kriminelle mødes, afslører Hagen Forster (Tom Wlaschiha) et dødbringende plot om at stjæle plyndret krigsguld. Hans efterforskning fører ham også til en mand, der er involveret i en sammensværgelse, der kan ændre krigens gang til det bedre: Klaus Hoffmann (Rick Okon).
