随着Skid的消失和Xana的Replikas数量达到无法控制的程度，Jeremie继续研究他的多代理系统。与此同时，Aelita做了噩梦，梦见自己的父亲被 XANA 杀死。就在Jeremie工作时，Franz Hopper联系了他，并安排了一次在Lyoko的会面。William想要帮忙，但除了 Aelita，其他人都有些戒心，不敢再相信他。William被留在实验室与Jeremie一起。见面后，Franz Hopper传输了完成Jeremie的多代理系统所需的数据。然而，Xana并不甘心就这样放弃，他启动了一座塔，再次附身在 William 身上...
