故事揭幕于1987年的日本,乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年,DIO复活了。同时,乔瑟夫的孙子,空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力,DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲,陷入病危情况;为了拯救命在旦夕的母亲,承太郎、乔瑟夫、花京院典明与阿布德尔出发前往DIO的所在地。他们一行人经香港、新加坡、印度、巴基斯坦、红海等地,以各种各样的交通工具旅行,并沿途打倒DIO派出来的塔罗牌替身使者,也结识了伙伴J‧P‧波鲁纳雷夫。在埃及上岸后、一行人与伙伴伊奇会合,又打倒了DIO所派出来的手下“九荣神”,最后抵达DIO的宅邸,为这一百年来的DIO与乔斯达家的恩恩怨怨做了了结。