小宝等胁持三桂直至众人安全离开云南,九难亦守诺言,暂时放过三桂及自成。圆圆追随三桂回云南,但阿珂因自己复杂的身世,以及伤心一直被师傅所利用,痛恨众人,决一走了之,九难亦为此而深表懊悔。小宝回宫向康熙汇报三桂造反之部署,但原来康熙早有准备,更向他展示「神武大炮」威力,又要他带兵先攻神龙岛试炮,小宝大感惆怅。小宝接受多隆提议,挑选出擅长水战的福建水师提督负责带兵。龙儿知道小宝要攻打神龙岛,即向他大兴问罪之师,小宝乘机游说她说服教主归附朝廷免受大炮炮轰,更指可振兴神龙教,龙儿将信将疑。水师提督要求速战速决,小宝因龙儿迟迟未返,处于两难之间。小宝被教主所捉,双儿大急,决独前往总坛营救。小宝在大牢中见龙儿时,她已变成为废人,幸仍有内力传与小宝,二人始能脱困。龙儿又教小宝教主独门武功「穿心指」,小宝运用此招令神龙教众以为教主发狂,众人争相回避之际,神龙岛被轰,双儿上前救小宝及龙儿,三人乘乱逃走至教派之墓冢,小宝按壁上指示诚心向墓碑叩拜。