В каналізації Нью-Йорка живуть мутанти Черепашки Ніндзя та їхній учитель, щур Сплінтер. «Мишероботи» вченого Бакстера Стокмана нападають на дівчину Ейпріл О'Ніл, яка розкрила його злочинні наміри. Але в цей момент Черепашки Ніндзя приходять їй на допомогу і вона стає їхньою подругою. Через напад мишероботів їм доводиться перенести свій сховок до нового місця. Пізніше вони знайомляться з Кейсі Джонсом — Нічним Месником в масці, котрий стає другом Ейпріл. Потім виявляється, що Стокман працював на Шреддера, керівника ніндзя з Клану Ноги. Черепашки дізнаються про мутаген, який спричинив їхній розвиток, і створив інших, не завжди добрих мутантів. Перешкоджаючи злим намірам Шреддера зі створення мутантів і поширення мафії, Черепашки стикаються зі Стокманом, який бажає помститися їм. Нарешті їм вдається проникнути до штаб-квартири Шреддера та відтяти йому голову. Однак, Сплінтер після цього таємниче зникає.
