Efter att ha tagit sig igenom mystiska portaler befinner sig Ash, Goh, Chloe och Dawn i en parallell värld där tidens bakåtflöde har fått Pokémon att bli ägg igen! Tillsammans med sina parallella jag undersöker Ash och hans vänner portalernas ursprung och hittar den legendariska Pokémon Dialga och Palkia och det visar sig att de strider mot varandra. Efter att ha besegrat parallellvärldens Team Rocket påverkas våra hjältar själva av tidens omkastning och blir yngre! De vill desperat stoppa de legendariska Pokémons strider och återställa rumtiden så de delar med sig av sina känslor med Dialga, Palkia och den mytiska Pokémon Arceus, som för en stund ser ut att avbryta konflikten. När allt återgått till det normala åker våra hjältar hem!
