Sköldpaddorna måste infiltrera Teknodromen för att rädda April. Samtidigt beger sig Splinter till Fotklanens högkvarter där han, efter att ha besegrat Dogpound och Fishface, råkar i strid med Shredder. Snart förstår Splinter att Karai egentligen är hans dotter Miwa, för vilken Shredder berättat att Splinter dödat hans mor. Splinter beger sig hem. Samtidigt i Teknodromen måste sköldpaddorna stoppa Kraang Prime och rädda April innan Kraang börjar föra bort fler människor.
