Jest rok 2015. Minęło 15 lat od Drugiego Uderzenia (Second Impact) - globalnego kataklizmu, który wymazał z powierzchni Ziemi połowę rasy ludzkiej. Aby obronić ludzkość przed przyszłymi atakami Aniołów, ONZ powołało do życia organizację NERV (umiejscowioną w Tokio-3) w celu stworzenia ogromnych bio-mechanicznych robotów znanych jako Evangeliony (pilotować je mogą tylko wybrane 14-letnie dzieci urodzone po Drugim Uderzeniu). Shinji Ikari, syn dowodzącego NERV-em komandora Gendo Ikari'ego, przybywa na polecenie swojego ojca do Tokio-3, gdzie zostaje zmuszony do pilotowania Jednsotki 01, by walczyć z Aniołem Sachielem, który właśnie zaatakował miasto.
