Pewnego dnia Sakurakouji Sakura jadąc autobusem zobaczyła ludzi trawionych przez niebieskie płomienie. Pomiędzy nimi stał chłopak mniej więcej w jej wieku. Następnego dnia wraca na miejsce zdarzenia, lecz nic tam nie znajduje, a do jej klasy dołącza Ogami Rei, wyglądający tak samo jak chłopak z poprzedniego dnia. Okazuje się, że Ogami jest Code:Breakerem. Zdaje się być zimnokrwistym zabójcą kierującym się zasadą "oko za oko, ząb za ząb, zło za zło". Bohaterka przekonana, że takie zachowanie jest niewłaściwe, postanawia powstrzymać Ogamiego i zmienić jego podejście.
