Hodgins nadal nie wyzwolił się z traumy po porwaniu przez Grave'a Diggera. Częściowo obwinia się za porwanie Bootha. Wychodzi na jaw, że Booth został otumaniony i zamknięty w czymś wyglądającym jak żółta łódź podwodna. Booth staje twarzą w twarz z kimś ze swojej wojskowej przeszłości. Ekipa pracuje nad zlokalizowaniem Bootha i poznaniem, kto stoi za porwaniem. Dowiadujemy się, dlaczego syn Bootha ma na imię Parker. Brennan, Hodgins i Thomas Vega, Judge Dix Williams i AUSA Kim Kurland (ostatnia trójka znana z epizodu 02x09) są podejrzani po tym, jak część dowodów w sprawie znika. Hodgins ma obsesję na punkcie Grave'a Diggera. Vega pisze na ten temat książkę. W sprawie pomaga Jared, brat Bootha.
