'Hundred' - dat is het enige wapen dat de mysterieuze levensvorm 'Savage' ervan kan weerhouden de aarde te bezoeken. De hoofdpersoon, Kisaragi Hayato, wil met deze Honderd een Martial Arts Master worden. Hij slaagde erin de slagschipuniversiteit Little Garden binnen te komen. Maar... 'Ik wilde je zien, Hayato!!!' 'H-Hoe weet je mijn naam?' Bij de huisgenoot, Emil Crossford, die hem op de een of andere manier goed kent (?), krijgt Hayato een ongemakkelijk gevoel. Bovendien wordt hij vlak na de toegangsceremonie voor een duel gevraagd door de sterkste vechtsportmeester van de campus, 'Koningin' Claire Harvey...!? De ultieme academiestrijd begint hier!