Yui Kusanagi is de dochter van een Shinto-priester. Wanneer ze op een dag een mysterieus zwaard ontdekt, wordt ze getransporteerd naar een andere wereld. Daar ontmoet ze de Griekse god Zeus, die haar uitnodigt om naar een door hem opgerichte school te gaan, die bedoeld is voor jonge goden uit verschillende culturen om de betekenis van liefde te leren om de verzwakking van de band tussen mensen en de goden tegen te gaan.