Team Flare lijkt vooralsnog te zijn verslagen. Clemont heeft hun controle systeem vernietigd, waarvoor hij groot offer moest brengen en Alain en Ash hebben Lysandre tot stilstand gebracht. Maar als de boef weer opduikt, belooft hij dat zijn nieuwe wereld er toch zal komen.. Ondertussen redden Mairin en Serena Chespie en zien dan tot hun schrik dat hij wordt geabsorbeerd door de mysterieuze Reuzensteen, die van vorm verandert om op Zygarde te lijken! Hij begint te bewegen in de richting van de Anistar Zonnewijzer op zoek naar meer energie. Iedereen is vastbesloten om hem koste wat het kost tegen te houden, inclusief de Gym Leaders en Kampioen Diantha, die zich bij onze helden voegen om Chespie te bevrijden en de wereld te redden!