In het jaar 2552 hebben mensen op de planeet Madrigal gevochten voor onafhankelijkheid van de aarde, maar een fatale ontmoeting met het Buitenaardse Verbond compliceert de zaken. Master Chief John 117 en zijn supersoldaat "Spartans" nemen deel aan de strijd. Na het gevecht gaat Master Chief naar zijn thuisplaneet Reach met een madrigaaloverlevende en een mysterieus object dat hij op de planeet heeft ontdekt. Maar een controversiële orde zorgt ervoor dat John zijn missie en zichzelf in twijfel trekt.
