In deze serie volgen we de spannende avonturen van vier genetisch gemanipuleerde schildpadden die uitblinken in oosterse gevechtskunsten. Samen met hun mentor proberen ze het onrecht in de stad tegen te gaan. Door gevechten aan te gaan met Shredder, de Kraang en een boel andere supermachtige mutanten, leren de Turtles hoe ze op zichzelf en elkaar kunnen bouwen terwijl ze zich ontwikkelen tot de helden die ze voorbestemd waren te zijn.