In een verre toekomst, na een nucleaire oorlog, zijn er nog maar een paar steden op de wereld over. Eén daarvan is No. 6, waar mensen veilig en welvarend leven, geleid door een technocratische regering. De jongen Shion werd als tweejarige geselecteerd in een intelligentietest voor de toekomstige elite. Maar wanneer hij op zijn twaalfde verjaardag onderdak biedt aan een leeftijdsgenoot die zijn toevlucht zoekt bij zijn familie, wordt hij van de eliteschool gestuurd. Onderduiker Nezumi zou ondanks zijn leeftijd een zware crimineel zijn, en nu wordt ook Shion herhaaldelijk aangewezen als verdachte. Hij woont nu met zijn familie in een buurt van de minder toebedeelden, aan wie ook niet zoveel veiligheid voorbehouden is.
