Hashiba Sora ligt in het ziekenhuis sinds hij bij een ongeluk uit het schoolraam viel. Nadat hij terug is in de slaapzaal, wordt hij 's nachts aangevallen door een jongen die zichzelf 'Ran' noemt en Sora vraagt om 'Yoru' uit te laten. Sora rent dan in paniek weg. De volgende ochtend blijkt dat de mysterieuze 'Ran' Fujimori Sunao is - een sandbox-vriend van Sora, die hij zich niet kan herinneren. Omdat dit Sunao van streek maakt, legt Honji Matsuri, ook een oude vriend van Sora, aan Sunao uit over Sora's herinnering. Dit komt omdat het aanzienlijke hiaten vertoont, vooral met betrekking tot de kindertijd. Pas naarmate het verhaal vordert wordt duidelijk wat de reden is voor Sora's vergetelheid en wat 'Ran' en 'Yoru' ermee te maken hebben.
