Het leven op de middelbare school valt Mike Fukanaga zwaarder dan gedacht. Als hij erachter komt dat hij afstamt van een lange reeks Ninja's, belandt Mike in een wereld vol spanning, actie en misdaadbestrijding. Samen met zijn beste vriend Owen leert Mike van zijn opa de fijne kneepjes van het Ninja-vak. Als de mooie Amanda zich bij de jongens voegt, is het team compleet. Onder de naam Supah Ninja's gaan de drie vrienden de strijd aan met middelbare school drama's en tienerproblemen terwijl ze superschurken verslaan!