De afdeling Speciaal Onderzoek, een geheime dienst van de NSA, heeft Sydney in hechtenis genomen, omdat ze menen dat zij de nationale veiligheid in gevaar brengt. Uit onderzoek blijkt dat ze als twee druppels water lijkt op de vrouw uit een 500 jaar oude profetie van Rambaldi. Een vrouw die 'grote macht in totale vernietiging zal omzetten'. FBI-agent Kendall ondervraagt Sydney in het bijzijn van een team van verhoorders. Terwijl ze wordt ondervraagd naar haar mogelijke banden met het Rambaldi-artefact, doet Sydney een schokkende ontdekking die het mysterie van de 500 jaar oude profetie zou kunnen verklaren.