In dit tijdperk heeft de mensheid zich ontwikkeld tot twee ondersoorten: Naturals, die op aarde verblijven, en Coördinatoren, genetisch verbeterde mensen die in staat zijn de ontberingen van de ruimte te weerstaan en die orbitale kolonies bewonen. Het verhaal draait om een jonge coördinator Kira Yamato die betrokken raakt bij de oorlog tussen de twee rassen nadat een neutrale ruimtekolonie is binnengevallen door de coördinatoren.
